Melengkapi peraturan tahun 2014, yaitu Keputusan Direktur Jenderal Pajak No. 136 tahun 2014 tentang Penetapan Pengusaha Kena Pajak yang Diwajibkan Membuat Faktur Pajak Berbentuk Elektronik, pemerintah mengeluarkan aturan terbaru, yaitu PENG – 05/PJ.09/2016 tentang Penerapan e-Faktur Secara Nasional. Dalam aturan terbaru tersebut, disebutkan bahwa semua PKP (Pengusaha Kena Pajak) di Indonesia wajib menggunakan e-Faktur. Jika sebelumnya hanya PKP yang ditunjuk pemerintah yang wajib membuat e-Faktur dengan dikeluarkannya KEP – 136 /PJ/2014, maka dengan berlakunya PENG – 05/PJ.09/2016 semua PKP wajib membuat e-SPT Masa PPN 1111 dengan menggunakan aplikasi e-Faktur.

Pembuatan faktur pajak elektronik dimulai pada tanggal 1 Juli 2016. Sehingga, PKP perlu untuk melakukan registrasi e-Faktur. Bila masih ada PKP yang belum memiliki Sertifikat Elektronik dari KPP , PKP harus segera mengajukan permintaan Sertifikat Elektronik ke KPP tempat PKP dikukuhkan. Sebab bila tidak membuat e-Faktur atau e-Faktur tidak sesuai dengan tata cara yang ditentukan, PKP dianggap tidak membuat e-Faktur dan dikenakan sanksi denda 2% dari DPP (Dasar Pengenaan Pajak). Selain itu, PM (Pajak Masukan) tidak dapat dikreditkan jika Faktur Pajak yang dibuat tidak dalam bentuk e-Faktur. Oleh karena itu, PKP perlu mempersiapkan kemampuan perusahaan dalam melaksanakan kewajiban penggunaan e-Faktur agar tidak terkena sanksi denda sebesar 2% dari DPP.